Hallo Bernd und willkommen im Forum,
im Normalfall erstellt
NOF für die sichere Seite einen Ordner Scripts, der dann im Prinzip gelöscht und erneuert werden könnte. Allerdings gibt es auch andere Komponenten, die einen solchen Ordner anlegen. Deshalb ist es schwierig dir zum Löschen irgendwelcher Dateien zu raten ohne das komplette Projekt zu kennen.
Wenn es mein Projekt wäre, würde ich so vorgehen.
Ich würde das alte Projekt zunächst komplett bestehen lassen und das neue Projekt parallel aufbauen und zum Testen in ein separates Verzeichnis laden. Ein Testverzeichnis eben. Wenn dein neues Projekt dann mal komplett ist und alles wunschgemäß und reibungslos funktioniert, dann kannst du dein altes Projekt komplett löschen und das neue Projekt auf den Server spielen.
So hast du dann alles auf dem neusten Stand und gehst kein Risiko ein.
Viel Erfolg!
l.g. nettesekel