Da gibt es aber keinen doppelten Content und es gibt auch keine zwei Seiten.
Die Startseite ist die index.html. In beiden Fällen wird haargenau die selbe Seite aufgerufen. Nur einmal wird sie Im Pfad mit angezeigt und einmal eben nicht.
Ist im Prinzip genauso, wie wenn man eine domain mal mit und mal ohne www aufrufen lässt.
Ob mit oder ohne www bevorzugt werden soll, kann man z.B. über google-Webmastertools ganz gut festlegen. Eventuell kann man dort auch eine Angabe zum Anzeigen oder nicht Anzeigen der index.html im Pfad machen. Weiß ich aber nicht... einfach mal gucken.