Zunächst mal wäre es sinnvoll, die Alte Website vom Server zu löschen. Sonst bleiben die Seiten über Links von anderen Seiten oder über Google-Suchergebnisse aufrufbar.
Im Anschluss kannst du dann ja nur die Startseite hochladen. In dem Fenster was beim Publizierungsvorgang aufgeht, kannst du wählen, ob die aktuell geöffnete Seite, alle Seiten oder ausgewählte Seiten hochgeladen werden sollen.
Du solltest dir aber darüber im Klaren sein, dass du deine Platzierung bei Google (sofern vorhanden) damit killst.
Je nachdem, was auf deiner Startseite steht und ob die Seite kommerziellen Charakter hat, solltest du trotzdem ein Impressum haben.