Was die html-Ausgaben angeht, bin ich immer wieder bei HTML4.01 gelandet, da ich bei allen anderen Ausgaben meist schnell an den Punkt geriet, an dem im Browser alles anders aussah als ich es in NOF vorgesehen hatte. Hier wirst du sicher deine eigenen Erfahrungen sammeln.
Die fusion.css gibt es bereits seit NOF10. Sie enthält ein Paar grundlegende Styleangaben... weshalb und warum habe ich mich noch nicht mit befasst, es ist halt vom Programm so gewollt. Im Zuge dessen könnte man sich auch fragen, warum es eine Style und eine Site.css gibt. Könnte durchaus auch in eine Datei geschrieben werden. Wahrscheinlich hats programminterne Hintergründe oder auch nicht. ;)
Was die Navi angeht... wenn du JS willst, kannst du auch die NOF-Navi nutzen, die ist js-basiert.
Die jquery.js, die von NOF kommt würde ich erstmal so lassen wie sie ist. Wenn deine Anwendungen dann nicht damit klar kommen, kannst du immernoch die SwissKnife-Kompo ins Spiel bringen.
Was Formatvorlagen angeht, da sollte man seine Einstellungen im Style grundsätzlich genauso am Beginn des Projekts vornehmen, wie in älteren NOF-Versionen auch. Alles was von dort aus zu Beginn zentral festgelegt wurde erleichtert die Arbeit und ist mit wenigen Klicks fürs ganze Projekt abänderbar.
Ausser dass du nun bei den neuen NOF-Versionen ein paar HTML-Ausgaben mehr hast, hat sich an der Vorgehensweise bei der Erstelleung einer Website nichts geändert. Wenn du tabellenlosen Quelltext wünschst, musst du halt versuchen mit Layoutbereichen und Textfeldern zu arbeiten. Wie gesagt, ich habe all meine Bemühungen diesbezüglich irgendwann wieder aufgegeben, da ich bei aufwändigen Designs immer wieder mit unergründlichen Darstellungsunterschieden zu kämpfen hatte.